增值税专用发票只是抵扣进项税额的凭证之一，也是进项税额抵扣的条件之一，但不是全部条件，即使取得增值税专用发票，如属于相关规定不得从销项税额中抵扣的情形也不能抵扣进项税额。
增值税专用发票实务中存在三个误区，提请纳税人注意，以避免不能抵扣增值税的风险。
误区一：增值税专用发票认证通过或勾选认证后就合规
实务操作中，不加盖发票专用章、盖单位公章、盖财务专用章、发票内容压线及单位抬头不完整等一些不合规的增值税专用发票，都可以认证通过或勾选认证。但是按照相关文件规定，上述增值税专用发票都属于不合规的发票，不能作为增值税进项税额抵扣、企业所得税税前扣除和土地增值税税前扣除凭证，也就是说，增值税专用发票即使认证通过或勾选认证通过，并不代表该增值税专用发票就合规。
误区二：取得增值税专用发票就可抵扣进项税额
增值税暂行条例及实施细则和《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)规定，纳税人购进货物或者接受应税劳务、服务时，从销售方取得的增值税专用发票(含税控机动车销售统一发票，下同)上注明的增值税额，准予从销项税额中抵扣，同时也规定了“用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产”的进项税额不得从销项税额中抵扣等不得抵扣进项税额的情形。
如：企业租用一辆大客车专用于职工上下班班车，租车费用即使取得增值税专用发票，因属于用于集体福利购进应税服务，不能抵扣进项税额，还有餐费的增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
从另外一个角度来说，如果取得增值税专用发票就可以抵扣进项税额的话，也就没有“进项税额转出”的概念。
误区三：专用发票可以压线错格
《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发〔2006〕156号)第十一条规定，对开具专用发票要求做了相关规定，其中要求字迹清楚，不得压线、错格。对不符合要求的专用发票，购买方有权拒收。
另《国家税务总局关于印发〈增值税防伪税控系统管理办法〉的通知》(国税发〔1999〕221号)第二十条规定，防伪税控企业应按照《增值税专用发票使用规定》开具专用发票，打印压线或错格的，应作废重开。
也就是说，“压线、错格”的增值税专用发票不符合发票使用规定，不能作为抵扣进项税额凭证、不能作为企业所得税税前扣除凭证及不能作为土地增值税清算扣除凭证，且接受增值税专用发票单位有权拒收。不仅仅是专票中的密码区“压线、错格”，增值税专用发票内容“压线、错格”也属于不合规增值税专用发票。
提示
实务中为了防止相关纠纷，建议购买方在相关购买合同中加列以下条款：卖方提供的增值税专用发票没有通过税务机关认证或不符合发票相关法规要求，造成买方不能抵扣的，卖方应向买方支付未通过认证发票中载明的税款金额作为违约金。违约金不足以弥补买方损失的，卖方还应予以赔偿。卖方未按买方要求支付违约金的，买方有权终止合同。
